CDMO行业的主管部门包括国家发改委、国家市场监督管理总局、、工信部、应急管理部、生态环境部。国家发改委主要负责行业发展的宏观管理职能，研究制定综合性的产业政策，以及审批和管理投资项目等；国家市场监督管理总局负责产品质量安全监督管理，并依据有关部门的许可证件，核发危险化学品生产、储存、经营、运输企业营业执照等；负责危险化学品的公共安全管理，核发剧毒化学品购买许可证、剧毒化学品道路运输通行证，并负责危险化学品运输车辆的道路交通安全管理等；工信部主要负责提出工业发展战略，拟定工业产业规划和产业政策，组织实施并指导工业行业技术法规和行业标准的拟定等；应急管理部负责化工（含石油化工）、医药、危险化学品生产及经营安全监督管理工作，指导非药品类易制毒化学品生产经营监督管理工作，组织指导危险化学品目录编制和国内危险化学品登记等；生态环境部负责建立健全生态环境基本制度，负责监督管理国家减排目标的落实，负责环境污染防治的监督管理，组织开展中央生态环境保护督察等。除上述国家级主管部门外，各省、自治区、直辖市及各级人民政府所辖主管部门负责本行政区域内的监督管理工作。
CDMO产品一般适用进口国家或地区关于入境化学品的监管规定。欧洲、美国、日本和印度，前述国家或地区的监管部门及相关规定如下：
欧盟的REACH法规于2007年6月生效，欧盟化学品管理机构（ECHA）依据该法规进行管理，旨在欧盟范围内创建一个统一的化学物质管理体系，使企业能够遵循同一原则生产化学物质及其产品，以实现保护人类健康和环境、保持提高欧盟化学工业的竞争力、增加化学物质信息的透明度、减少脊椎动物试验的目的。
2010年12月1日生效的欧盟关于物质和混合物的分类、标签和包装法规（CLP）旨在说明化学品的物理危险和急性毒性，以便加强化学品处理、运输和使用过程中对人类健康和环境的保护，确保投放至欧盟的化学物质按照标准进行分类、标签和包装，更好的进行有毒物质的管理。CLP法规对REACH法规起到了巩固作用，也为欧洲化学品管理署（ECHA）维护的注册物质的分类和标签数据库的建立提供了相应规则。
美国FDA是专门从事食品、药品、医疗器械、化妆品管理的执法机关，主要职责为对美国国内生产及进口的食品、膳食补充剂、药品、疫苗、生物医药制剂、血液制剂、医学设备、放射性设备、兽药和化妆品进行监督管理。美国有毒物质控制法（ToxicSubstancesControlAct），简称TSCA，由美国国会于1976年颁布，1977年生效，美国环保署（EPA）负责实施。该法案旨在综合考虑美国境内流通的化学物质对环境、经济和社会的影响，预防对健康和环境的“不合理风险”。
日本化学物质审查及制造管理法（ChemicalSubstanceControlLaw,CSCL），即化审法，于1973年颁布实施，2017进行了修订，由厚生劳动省、经济产业省和环境省三个部门共同负责实施。化审法规定对于中间体类新化学物质，日本境内的生产商和进口商必须满足化审法的要求。
印度的化学品监管政策主要是针对危险化学品的监管，以及对、农药等法律法规特别规定的、实行进口许可管理的化学品，主要监管法规为1989年颁布的印度有毒化学品制造、存储及进口法规（Manufacture,StorageandImportofHazardousChemicalRules,MSIHCRules）。
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